Belanda tiba ke Jayakarta di akhir era ke-16, sesudah berkunjung di Banten di tahun 1596. Jayakarta di awal era ke-17 diperintah oleh Pangeran Jayakarta, salah seorang famili Kesultanan Banten. Pada 1619, VOC dipegang oleh Jan Pieterszoon Coen menempati Jayakarta sesudah menaklukkan pasukan Banten dan mengganti namanya menjadi Batavia.
Pada 5 Januari 1699, Batavia diterpa gempa bumi bertenaga 7,4 sampai 8,0 Mw terpusat di daerah Selat Sunda, sampai mengakibatkan kerusakan semakin makin tambah meluas dan tewaskan 128 orang.
Sepanjang kolonialisasi Belanda, Batavia berkembang menjadi kota yang lebih besar dan penting. (Saksikan Batavia). Untuk pembangunan kota, Belanda banyak mengimpor budak-budak sebagai karyawan. Umumnya mereka asal dari Bali, Sulawesi Selatan, Maluku, Tiongkok selatan, dan pesisir Malabar, India. Beberapa memiliki pendapat jika mereka berikut yang selanjutnya membuat komune yang dikenali nama suku Betawi.
Waktu itu luas Batavia cuma meliputi wilayah yang sekarang ini dikenali sebagai Kota Tua di Jakarta Utara. Saat sebelum kehadiran beberapa budak itu, telah ada warga Sunda yang ada di daerah Jayakarta seperti warga Jatinegara Golongan.
Dan etnis-etnis pendatang, pada jaman kolonialisme Belanda membuat daerah komunitasnya masing-masing. Karena itu di Jakarta ada daerah-daerah sisa komune itu ibarat Pecinan, Pekojan, Daerah Melayu, Daerah Makasar, Daerah Bandan, Daerah Ambon, Daerah Bali, dan Manggarai.
Di tanggal 9 Oktober 1740, terjadi kekacauan di Batavia secara terbunuhnya 5.000 orang Tionghoa. Dengan berlangsungnya kekacauan ini, beberapa orang Tionghoa yang berlari ke luar kota dan lakukan perlawanan pada Belanda.[29] Dengan selesainya Koningsplein (Gambir) di tahun 1818, Batavia berkembang ke selatan.
Tanggal 1 April 1905 dibuat dua kotapraja (gemeente), yaitu Gemeente Batavia dan Meester Cornelis. Tahun 1920, Belanda membuat kota taman Menteng, dan daerah ini menjadi tempat baru untuk pejabat Belanda gantikan Molenvliet di utara. Di tahun 1935, Batavia dan Meester Cornelis (Jatinegara) sudah terpadu menjadi daerah Jakarta Raya.[30]
Pada 1 Januari 1926 pemerintahan Hindia Belanda keluarkan ketentuan untuk penyempurnaan mekanisme desentralisasi dan dekonsentrasi yang bertambah luas. Di Pulau Jawa dibuat pemerintah otonom propinsi. Provincie West Java ialah propinsi pertama kali yang dibuat di daerah Jawa yang disahkan surat keputusan tanggal 1 Januari 1926, dan diundangkan dalam Staatsblad (Lembar Negara) 1926 No. 326, 1928 No. 27 jo No. 28, 1928 No. 438, dan 1932 No. 507. Batavia menjadi satu diantara keresidenan dalam Provincie West Java dari sisi Banten, Buitenzorg (Bogor), Priangan, dan Cirebon.